قبل از استریل کردن وسایل جراحی، بهتر است مطمئن شوید که آنها را تمیز کرده اید تا خون، بافت و تمام مواد آلی دیگر را جدا کنید. اگر مواد کثیف خشک شوند یا روی ابزار پخته شوند، با عدم عمل میکروبی تداخل کرده و می تواند فرآیند استریل کردن را به خطر بیندازد.

تمیز کردن حذف مواد خارجی (مانند خاک و مواد آلی) از اجسام است و معمولاً با استفاده از آب همراه با مواد شوینده یا محصولات آنزیمی انجام می شود.
رایج ترین نوع پاک کننده اتوماتیک مکانیکی، پاک کننده حمام اولتراسونیک است. پاک کننده های اولتراسونیک همراه با شوینده ها و پاک کننده های آنزیمی استفاده می شوند. تمیز کردن حمام اولتراسونیک ذرات را با کاویتاسیون (حباب) و انفجار حذف می کند. امواج انرژی صوتی در محلول‌های آبی منتقل می‌شوند و پیوندهایی را که ذرات ذرات را روی سطوح نگه می‌دارند، مختل می‌کنند.
هنگام انتخاب مواد شوینده یا پاک کننده های آنزیمی، از سازگاری آنها با فلز و سایر مواد ابزار جراحی اطمینان حاصل کنید. نوع مواد آلی که می خواهید حذف کنید نیز باید در نظر گرفته شود. گاهی اوقات پروتئازها به محلول های pH خنثی اضافه می شوند تا به حذف مواد آلی کمک کنند. آنزیم های موجود در این فرمولاسیون ها به پروتئین هایی حمله می کنند که بخش بزرگی از خاک معمولی را تشکیل می دهند (مانند خون، چرک). محلول های پاک کننده همچنین می توانند حاوی لیپاز (آنزیم های فعال روی چربی ها) و آمیلاز (آنزیم های فعال روی نشاسته) باشند. پاک کننده های آنزیمی ضدعفونی کننده نیستند و آنزیم های پروتئینی را می توان با میکروب کش ها غیرفعال کرد.
آلودگی باکتریایی را می توان در محلول های تمیز کننده دستگاه اولتراسونیک استفاده شده یافت. تولیدکننده‌های شوینده یا محلول‌های پاک‌کننده آنزیمی معمولاً ادعای ضد باکتریایی ندارند. استفاده مجدد از مایع پاک‌ کننده اولتراسونیک می‌تواند منجر به آلودگی اندوتوکسین‌های ابزار جراحی شود که می‌تواند باعث واکنش التهابی شدید شود. پیشنهاد می‌کنیم بعد از هر بار استفاده، محلول تازه تهیه کنید و بین استفاده‌ها، مخزن و سبد دستگاه التراسونیک را به درستی تمیز کنید.